Les eaux colorées sont dues le plus souvent à des espèces inoffensives. Elles peuvent malgré tout avoir des conséquences néfastes. En cas de bloom, la surabondance de phytoplancton (les concentrations atteignant plusieurs dizaines de millions de cellules par litre) entraîne la mort d’organismes marins (poissons, coquillages) soit par des effets mécaniques d’obstruction, soit par asphyxie. En effet, la respiration des microalgues en masse et la dégradation de la matière organique par les bactéries, grandes consommatrices d’oxygène, entraînent une diminution brutale de l’oxygène dans l’eau. La nuit, les microalgues consommant tout oxygène disponible, la faune meurt alors d’asphyxie. Ces efflorescences étouffent également les « bons » phytoplanctons, repas favori du zooplancton, des coquillages et des larves de poissons. Privés de nourriture et d’oxygène, ceux-ci ne peuvent plus que fuir ou mourir.

Ces « méchants » font concurrence aux bons phytoplanctons. Une concurrence renforcée, entre autres, par les produits « phytosanitaires » lorsqu’ils sont mal utilisés par les exploitants, les collectivités ou les particuliers. Surdosés, ces produits finissent par s’écouler trop abondamment dans les eaux marines où ils inhibent le développement des bonnes microalgues, ce qui laisse encore plus de place aux indésirables qui, eux, résistent aux pesticides.

Cette rupture dans la qualité et la quantité du plancton végétal provoque un déficit de nourriture néfaste pour le plancton animal, les coquillages ou les larves de poissons, et c’est tout l’équilibre de la production sauvage ou d’élevage qui est en jeu. En plus de l’affaiblissement des ressources occasionné par la mortalité, des interdictions de commercialisation, parfois nécessaires au nom du principe de précaution, provoquent un sérieux manque à gagner pour les professionnels de la pêche, la conchyliculture, la mytiliculture… Ce qui participe à la fragilisation des métiers de la mer.