D’autres espèces de dinoflagellés sont bénéfiques pour les coraux et leur confèrent leurs belles couleurs vives. C’est le cas des zooxanthelles qui vivent en symbiose avec le corail et jouent un rôle très important dans le métabolisme de l’animal. Capables de réaliser la photosynthèse au sein même d’une cellule animale, elles utilisent les déchets azotés et phosphatés du polype (partie animale du corail) comme source d'éléments minéraux qui y sont plus concentrés que dans le milieu extérieur. Grâce à ces nutriments et à la lumière, elles élaborent de la matière organique (glucides) dont une partie sert de nourriture au polype. De plus, la photosynthèse produit un dégagement d’oxygène facilitant sa respiration, la concentration en O2 des eaux chaudes étant peu élevée. Cette association entre la microalgue et le corail constitue une vraie symbiose qui profite aux deux partenaires.

Mais ce bel équilibre est précaire et pourrait être rompu par une amplification des émissions de CO2. Une grande partie du gaz carbonique de l’atmosphère est absorbée par les océans. Sa dissolution dans l’eau provoque une réaction chimique : le CO2 se combine à une molécule d’eau (H2O) pour donner du carbonate et de l’hydrogène. De nombreux organismes marins utilisent ce carbonate, associé au calcium dissous dans la mer, pour fabriquer leur carapace, coquille ou squelette externe en carbonate de calcium (calcaire), c’est la calcification. Celle-ci s’accompagne d’une libération d’hydrogène qui modifie le pH (potentiel hydrogène, mesure de l’acidité) de l’eau et rend la mer acide. La quantité d’hydrogène produite résultant de la quantité de CO2 diffusée dans l’eau, la démonstration est faite : l’excès de CO2 est à l’origine de l’acidification des océans.

Ces phénomènes chimiques, invisibles à nos yeux, ont pourtant des incidences visibles sur notre environnement. Par exemple, ce sont les squelettes externes en calcaire des coraux qui, au cours des siècles, ont édifié les récifs, atolls et autres constructions monumentales comme la grande barrière corallienne d’Australie. Par ailleurs, les récifs coralliens abritent un quart des poissons du monde, particulièrement ceux du grand large, mais ils sont aussi l’habitat d’anguilles, crabes, oursins, etc. Aujourd’hui, ces belles réalisations et ces écosystèmes riches pourraient disparaître: les deux tiers des coraux d’eau profonde sont menacés par l’acidification des océans qui est en augmentation constante depuis 25 ans.

De plus, depuis une vingtaine d’années, les récifs sont victimes d’un nouveau phénomène qui peut mettre en péril leur survie : c’est le blanchissement des coraux. Il correspond à une décoloration laissant transparaître le squelette blanc du polype. La perte des couleurs est consécutive soit au départ des zooxanthelles symbiotiques, soit à la disparition des pigments photosynthétiques, ce que l’on n’explique pas encore. Ces réactions seraient provoquées par des températures élevées ou une trop forte augmentation du CO2 dans l’eau, conséquences directes du réchauffement climatique qui s’amplifie sur notre planète.