Ces phytoplanctons sont les algues primitives, nées il y a 3,5 milliards d’années pendant la période de volcanisme à outrance sur toute la planète. La Terre est alors couverte d’une eau boueuse, bouillante, chargée en éléments minéraux et en métaux lourds. C’est dans cette soupe primitive dépourvue d’oxygène que la petite algue bleue microscopique apparaît et se développe, y consommant des composés métalliques et minéraux et du gaz carbonique pour fabriquer sa matière végétale. Cette production génère un déchet : l’oxygène. Premier organisme à réaliser la photosynthèse, grâce à la chlorophylle qu’elle contient, la cyanobactérie a offert l’oxygène à la planète. Socle de la vie dans les océans, l’algue bleue est à l’origine de la grande diversité du phytoplancton (diatomées, dinoflagellés…).  
    

Seul groupe de phytoplancton résistant aux températures élevées, les cyanobactéries prouvent que la vie est partout. On les trouve dans les milieux inhospitaliers comme, par exemple, les résurgences d’eaux chaudes à 60°C, alors que la température moyenne de la Terre est de 15°C.  

Capable de vivre dans les milieux extrêmes, l’algue bleue a survécu à tous les cataclysmes. Elle a su résister aux extinctions, vivre au ralenti pendant des millions d’années, s’adapter et évoluer, assurant ainsi la permanence de la Vie sur Terre depuis son origine. Les cyanobactéries existent encore aujourd’hui. Elles vivent, discrètes, enfouies dans les vases et réapparaissent lorsque la qualité des eaux leur est favorable, c’est-à-dire quand le milieu se dégrade.

Une telle prolifération de phytoplancton porte le nom d’efflorescence ou de bloom et change souvent visuellement l’aspect de l’eau : eaux colorées ou mousses en surface. A l’échelle visible, ce phénomène est comparable à celui des algues vertes qui envahissent les plages.

En cas d’efflorescence, un phytoplancton se multiplie tellement qu’il finit par occuper tout l’espace. Sa densité rend l’eau opaque et asphyxie le milieu. C’est ce qu’on appelle l’eutrophisation de l’eau : une espèce domine et prive de nourriture et de lumière les autres phytoplanctons qui ne peuvent plus se développer. Cette perte de la diversité est problématique en particulier en ce qui concerne les espèces de plancton végétal « comestibles » comme les diatomées. En effet, on pourrait croire que la surabondance des cyanobactéries offrirait au milieu un aliment à profusion, malheureusement, leur agglutination en colonies et leur toxicité (pour la plupart d’entre elles) les rendent difficilement consommables par une grande partie du plancton animal. Ainsi, privé de nourriture, le zooplancton s’appauvrit. S’ensuit un déficit de toute la chaîne alimentaire du milieu.

De plus, l’accumulation de phytoplancton fait écran aux échanges gazeux de surface (atmosphère-eau) et empêche l’oxygénation de l’eau, ce qui perturbe la respiration des animaux aquatiques parfois jusqu’à l’asphyxie. Cette purée de microalgues peut aussi encombrer et colmater les branchies des poissons jusqu’à provoquer leur mort. En ce cas, les poissons pélagiques ont la possibilité de s’enfuir, contrairement à ceux d’élevage qui restent retenus dans des enclos et ne peuvent s’échapper. Les conséquences d’un épisode d’eutrophisation s’avèrent souvent lourdes pour les professionnels de l’aquaculture.